Заклад було відкрито в 1961 році як інтернат для важковиховуваних дітей.

У 1969 році  його було перепрофільовано в санаторну школу-інтернат як науково-лікувальну базу Харківського науково-дослідного інституту патології хребта і крупних суглобів ім. М.І.Ситенка.                                                                                                                                                                                                                         У 2002 році  школа  увійшла до  Європейської мережі шкіл сприяння здоров’ю.

У 2012 році школа стала лауреатом Міжнародної виставки ” Освіта – 2012″.

У 2012 році  рішенням сесії Харківської обласної ради змінено тип закладу, відкрито дошкільне відділення і створено санаторний навчально-виховний комплекс.

  З 2012 року навчально-виховний комплекс  є освітньо-інформаційним центром Національної та обласної мережі шкіл сприяння  здоров’ю.

За результатами роботи  у 2013 році заклад отримав перемогу в проекті “Признание народа – 2013”, в номінації      

” Навчальний заклад року”, який проводила газета “Вечірній Харків”

За рішенням Регіональної експертної ради з питань ліцензування та атестації навчальних закладів Департаменту науки і освіти Харківської обласної державної адміністрації від 25.06.2014 № 6  шкільний і дошкільний підрозділи  комунального  закладу «Харківський санаторний навчально-виховний комплекс № 13» атестовані з відзнакою. Сумарна кількість балів по шкільному підрозділу становить 856 балів (високий рівень організації діяльності). Сумарна кількість балів по дошкільному підрозділу становить 604 бали (високий рівень організації діяльності).